Bildanalys hjälper till vid läkemedelsutveckling

När man försöker finna nya läkemedel så är det viktigt att man kan mäta hur olika ämnen påverkar levande celler. Joakim Lindblad vid Centrum för bildanalys i Uppsala, har i sin doktorsavhandling utvecklat metoder för att analysera mikroskopibilder av celler. Med hjälp av datorprogram kan man mäta olika egenskaper hos cellerna. Mätresultaten ger sedan bättre möjligheter att leta efter effektiva läkemedel. Utöver användbarhet inom läkemedelsutveckling ger metoderna även ökade möjligheter att förstå olika processer i levande celler, exempelvis hur cancer utvecklas och förhoppningsvis kan behandlas.

För att få kunskap om hur våra celler fungerar och studera hur de påverkas av olika ämnen i kroppen, så är det viktigt att man enkelt kan göra exakta mätningar av olika egenskaper hos cellerna. Med hjälp av datorer så går det idag att göra sådana mätningar utifrån mikroskopibilder av celler både effektivt och noggrant. Då dagens helt automatiserade mikroskop kan leverera digitala bilder av hundratals celler varje sekund är det viktigt att den efterföljande dator-analysen går snabbt.

En rad delproblem måste lösas för att kunna analysera och göra mätningar i bilder av celler. Först behöver man hitta de enskilda objekt som man vill mäta och skilja ut dem från bakgrunden, vilket kan vara nog så svårt när man skall hitta hundratals celler i en bild på bråkdelar av en sekund. Det kan även vara intressant av att hitta olika strukturer inuti cellerna. Sedan behöver man finna lämpliga mått som beskriver det man är intresserad av. Joakim Lindblad har bland annat studerat transport av vissa proteiner inuti cellerna. Metoderna är dock användbara för en stor grupp av liknande problem. När man så har ett antal mått, till exempel area samt längd och bredd på olika delar av cellerna, före och efter tillsats utav ett visst ämne, så följer statistisk analys av resultaten för att ge en övergriplig bild av vad som händer i cellen.

Joakim Lindblad har tillsammans med Carolina Wählby (också Centrum för bildanalys) arbetat i nära samarbete med biomedicinsk industri med att ta fram och sätta samman metoder för att effektivt göra mätningar av olika egenskaper hos celler med hjälp utav datoriserad bildanalys. Joakim beskriver i detalj olika metoder som kan användas för att lösa de problem som man ställs inför när man vill göra mätningar i cellbilder. Avhandlingen omfattar hela processen, från det att man får in en bild i datorn till det att man får reda på till exempel vilka av cellerna som reagerade på det tillförda ämnet.

Joakim Lindblad, vid Centrum för bildanalys, Uppsala Universitet, försvarar fredagen den 17:e januari, kl. 10.15 sin doktorsavhandling Development of Algorithms for Digital Image Cytometry. Disputationen äger rum i sal 10132, Ångströmlaboratoriet, Uppsala. Opponent är Dr. Calum MacAulay, BC Cancer Research Centre, Vancouver, Canada.

Mer information: Joakim Lindblad, 018-471 70 04
e-post: Joakim.Lindblad@cb.uu.se

Avhandlingen finns tillgänglig elektroniskt på
http://publications.uu.se/theses/91-554-5497-6/


 

Mikroskopibild av odlade celler, där cellkärnan och cytoplasman har givits olika färg.

Bild där datorn har ringat in och numrerat cellerna i bilden. Efter detta följer mätning av olika egenskaper hos de enskilda cellerna.

 


Joakim Lindblad